Доктор Стојковски е шеф на отсек на Одделението за малигни тумори на ЦНС, коскени тумор и кожа на Клиниката за онкологија. На оваа функција е од 2013 година, а претходно работел како шеф на отсек на Одделението за малигни тумори на главата и на вратот.
Од 1997 до 1998 година работи како лекар – волонтер на Универзитетската клиника за радиотерапија и онкологија во Скопје, а од 2000 до 2004 година како лекар на специјализација на оваа Клиника. Од 2018 до 2023 година бил доцент на Катедрата за онкологија со радиотерапија при Медицинскиот факултет во Скопје ,а од 2023 година е вонреден професор на овој факултет.
На почетокот на септември минатата година, беа извршени претреси на оваа Клиника и во два приватни стана по објавите во медиумите за злоупотреба на биолошката терапија за пациентите. Беа одземени компјутери и документација, а почна и истрага на Обвинителството. Во Собранието беше формирана и анкетна комисија со цел да се утврди одговорност, но таа заврши без офоцијални заклучоци. По случајот на Онкологија, на оваа Клиника за в.д. медицинскиот директор беше назначена Виолета Клисаровска.